زمانی که عمرو بن عاص كنانه را كشت ، به سوى محمد بن ابى بكر رفت تا او را نیز به قتل برساند . در این زمان ، ياران محمدبن ابی بکر از اطرافش پراكنده شده بودند . محمد بن ابی بکر که خود را تنها ديد ، به راه افتاد تا بر سر راه خود به خرابه اى رسيد و در آنجا ساکن شد . عمرو بن عاص به فسطاط آمد . معاوية بن حُدَيج كه براى يافتن محمد بن ابى بكر به هر جا سر میكشيد ، به چند تن از عجمان رسيد و از آنان پرسيد : آيا به كسى كه نشناسیدش بر نخورده اید؟ گفتند : نه . يكى از آنها گفت : من به خرابه ای رفتم و دیدم مردى ناشناس در آنجا نشسته بود . ابن حديج گفت : به پروردگار كعبه سوگند كه او خود محمد است و شتابان به سوى خرابه رفت . محمد بن ابی بکر را در همان خرابه پیدا کردند و بيرون آوردندش . محمد بن ابی بکر را در حالی یافتند که از تشنگى نزديك به مردن بود . او را به فسطاط بردند .
برادر محمد بن ابی بکر (عبد الرحمن بن ابى بكر) در لشكر معاويه بود . وقتی خبر دستگیری محمد را شنید به خشم آمد ، برخواست و به عمرو گفت : «به خدا سوگند نمیگذارم برادرم را اسير و دست بسته بكشيد . نزد معاوية بن حديج كس بفرست و او را از كشتن محمد بازدار »
عمرو بن عاص کسی را نزد معاوية بن حديج فرستاد و پیغام داد که محمد را نزد من بياور . معاويه گفت : «شما پسر عمّ من كنانة بن بشر را میكشيد ولی من از محمد دست بردارم ؟ هرگز . آيا كفار شما از ايشان نيرومندترند يا در كتابها آمده كه در امان هستيد »
محمدبن ابی بکر به معاویه بن حدیج گفت : يك قطره آب به من دهيد . معاوية بن حديج گفت : خداوند همواره مرا لب تشنه دارد اگر قطره اى آب به تو دهم . شما عثمان بن عفان را بیگناه و تشنه كشتيد و خدا او را از شراب گواراى بهشت سيراب كرد . من نیز تو را اى پسر ابو بكر تشنه میكشم و خدا تو را حميم و غسلين بنوشاند .
محمد بن ابى بكر گفت : اى پسر زن يهودى جولاه ، اين كار به دست تو نيست كه در آن جهان به هركس چه بنوشانند . بلکه این به دست خداست كه دوستانش را سيراب كند و دشمنانش يعنى تو و همانندان تو را و آنان كه تو را دوست دارند و آنكه تو دوستش دارى را حميم و غسلين دهد .
به خدا سوگند، اگر شمشيرم در دستم بود ، هرگز تا به اين حد زبان درازى نمیكرديد .
معاوية بن حديج گفت : میدانى با تو چه خواهم كرد ؟ تو را در شكم اين خر مرده میكنم و آتشش میزنم . محمد گفت : اگر با من چنين كنيد ، تازگى ندارد ، بسا با اولياى خدا چنين كرده ايد . به خدا سوگند ، اميد آن دارم كه خدا آن آتشى را كه مرا از آن میترسانى بر من سرد و سلامت گرداند . آن سان كه بر دوست خود ابراهيم سرد و سلامت گردانيد و بر تو و يارانت چنان كند كه با نمرود و نمروديان كرد . اميد آن دارم كه خدا تو را و امامت معاوية بن ابى سفيان و اين (اشاره به عمرو بن عاص ) را در لهيب جهنم خود بسوزاند و هر زمان كه شعله اش كم شود آن را بيش از پيش بر افروزد .
معاوية بن حديج گفت : من تو را از سر ستمكارى نمیكشم ، بلكه به خونخواهى عثمان بن عفّان میكشم . محمد گفت : از عثمان سخن مگوى که عثمان به حق عمل نكرد و حكم قرآن را دگرگون نمود و خداى عز و جل فرمايد : « آنان كه به آنچه خدا نازل كرده داورى نمیكنند كافرانند .» و در آيات ديگر فرموده است : ستمكارانند يا فاسقانند . عثمان مرتكب اعمالى شد كه سبب دشمنى ما با او شد . خواستيم كه از مسند فرمانروايى كناره جويد اما نپذيرفت . مردم نيز او را كشتند . معاوية بن حديج محمد بن ابی بکر را پيش كشيد و گردنش را بزد . سپس پيكر او در درون شكم خر جا داد و آتش زد .
چون اين خبر به خواهر او عايشه رسيد ، سخت زارى و بیتابى كرد . از آن پس ، در پى هر نماز معاوية بن ابى سفيان و عمرو بن عاص و معاوية بن حديج را نفرين مبكرد . زن فرزند برادر خود محمد را نزد خود آورد و کفالت كرد . قاسم بن محمد بن ابى بكر در كفالت او بزرگ شد .
معاوية بن حديج مردى ملعون و ناپاك بود و على بن ابى طالب (ع) را سبّ میكرد .
داود بن ابى عوف می گويد : روزی معاوية بن حديج نزد حسن بن على بن ابى طالب (ع) به مسجد مدينه رفت . حسن (ع) او را گفت : واى بر تو اى معاويه ، تو كسى هستى كه امير المؤمنين على بن ابى طالب (ع) را سبّ میكنى ؟ هر چند گمان ندارم كه تو را لياقت آن باشد كه ديده ات بر او افتد اما به خدا سوگند اگر روز قيامت بشود او را خواهى ديد در حالی كه دامن بر كمر زده و بر روى منافقين میزند آن سان كه اشتران غريب را از آب دور كنند .
عبد اللّه بن شدّاد گويد : عايشه پس از شنیدن خبر قتل فجیع محمد بن ابی بکر ؛ سوگند خورد كه از آن پس هرگز گوشت كباب شده نخورد و تا زنده بود لب به كباب نزد . هر بار كه پايش میلغزيد میگفت : با سر به زمین بخورند معاوية بن ابى سفيان و عمرو بن عاص و معاوية بن حديج .
ابو اسحاق گويد : وقتى كه خبر قتل محمد بن ابى بكر و آنچه بر سر او آمده بود به مادرش اسماء بنت عميس رسيد ، اندوه خود فرو خورد و به مصلّاى خود رفت و به ناگاه از پستانهايش خون جارى شد .
ابو اسماعيل كثير النّواء گويد : ابو بكر به غزوه اى رفته بود . اسماء بنت عميس كه زوجه او بود در خواب ديد كه گويى شويش سر و ريش را به حنا خضاب كرده است و جامهاى سفيد بر تن دارد . اسماء نزد عايشه آمد و از خوابى كه ديده بود آگاهش كرد . عايشه گفت : اگر خوابت راست باشد تعبيرش اين است كه ابو بكر كشته شده و آن خضاب خون است و آن جامه سفيد كفن اوست . سپس گريستن گرفت . پيامبر (ص) داخل شد و او را گريان ديد . پرسيد : چه چيز سبب گريه او شده ؟ گفتند : يا رسول اللّه (ص) ، كسى او را نيازرده ولى اسماء خوابى را كه ديده بود برايش نقل كرده و آن خواب براى پيامبر حكايت كردند . گفت : تعبير چنان نيست كه عايشه بيان كرده ابو بكر تندرست بازمیگردد و با اسماء ديدار میكند و اسماء از او بار میگيرد . پسرى می آورد كه او را محمد مینامد . خداوند آن پسر را خصم كافران و منافقان میگرداند . آن پسر زاده شد و او همان محمد بن ابى بكر بود كه در آن روز كشته شد . خدايش بيامرزد . آرى چنان شد كه رسول اللّه (ص) خبر داده بود .
ابو اسماعيل كثير النّواء گويد : عمرو بن عاص خبر قتل محمد بن ابى بكر و كنانة بن بشر را به معاويه اینچنین نوشت :
اما بعد ، محمد بن ابى بكر و كنانة بن بشر را با لشكر مصر ديديم . آنان را به كتاب و سنت دعوت كرديم ولى از حق سر برتافتند و كوركورانه راه ضلالت خويش در پيش گرفتند . پس با ايشان جهاد كرديم . خدا ما را پيروز گردانيد و بر سر و پشت آنان زد و اسير ما گردانيد . محمد بن ابى بكر و كنانة بن بشر كشته شدند . سپاس خداوند جهانيان را . و السلام .
