شاگردان امام خمینی از جمله آیت‌الله گرامی در وصف ایشان می‌گفتند: «روح امام خمینی ، روح نوابی بود به اضافه مرجعیت.» به بیان‌های مختلف نقل شده که امام خمینی از آنجا که آیت‌الله بروجردی در آن مقطع سمبل تشیع و مرجعیت بود، عمل خلاف رویه ایشان را به صلاح اسلام نمی‌دانستند. از این رو برای دامن نزدن به اختلافات به حمایت غیرآشکار از فداییان اسلام روی آوردند. به نقل از آیت‌الله واعظ‌زاده خراسانی نیز امام در یکی از جلسات خصوصی تصریح کرده بودند که «ایشان (فداییان اسلام) بدون هیچ آلت و اسلحه‌ای فقط با سخنرانی با دستگاه درافتاده‌اند و دستگاه را به وحشت انداخته‌اند.»
این حمایت پنهانی در زمان دستگیری نواب صفوی علنی شد. حجت‌الاسلام علی دوانی در کتاب شرح حال آیت‌الله بروجردی نقل کرده که در جریان اعدام مرحوم نواب و یارانش، امام با ابراز تاسف فرمودند: «چه کنم کسانی را در بیت آیت‌الله بروجردی گذاشته‌اند که نمی‌توانم کاری کنم، البته می‌روم و اقدام می‌کنم.» مطابق آنچه که همسر امام نیز نقل کرده بود، امام خمینی برای پیشقدم شدن آیت‌الله بروجردی برای جلوگیری از اعدام نواب و یارانش خدمت ایشان رفتند. زهرا مصطفوی، دختر امام نیز مطابق آنچه که در روزنامه اطلاعات ۱۷ خرداد ۶۷ نقل شده، در بیان خاطره روز اعدام فداییان گفته است: «در اتاق ایستاده بودم و مادرم داشتند کار می‌کردند که امام وارد شدند. صورت ایشان به‌شدت برافروخته بود و چشم‌ها حالت فوق‌العاده عصبانی و ناراحت ایشان را نشان می‌داد. فقط عبایشان را گوشه‌ای انداختند و با عصبانیت وارد شدند. گویا مادر از جریان خبر داشتند که پرسیدند: نتوانستید کاری کنید؟ گفتند: نخیر، نشد، نتوانستم. ایشان – آقای بروجردی- می‌گویند من به این کارها کاری ندارم…. بعد امام از اتاق بیرون رفتند، ولی حال‌شان خیلی منقلب بود، چون می‌دانستند نتیجه محاکمه فداییان اسلام یعنی اعدام. این را چون می‌دانستند، خب معلوم بود مساله اعدام یک عده جوان بی‌گناه فعال مبارز طبیعتاً چقدر سخت بود. بعد من از مادرم پرسیدم جریان چیست؟ گفتند: محاکمه فداییان اسلام است و آقا [امام خمینی] پیش آیت‌الله العظمی بروجردی رفتند که بلکه ایشان جلوی محاکمه و اعدام را بگیرند، اما ظاهراً موفق نشده‌اند. چون مرام ایشان (آقای بروجردی) این بود که به حکومت کاری نداشته باشند.»
در خاطرات حاج‌آقا مصطفی خمینی نیز درخصوص فداییان اسلام چنین نقل شده که رئیس آنها سیدمجتبی نواب صفوی «واقعا دلیر و توانا بود و از روی احساس، سنگ اسلام را به سینه می‌زد و نمی‌توان او را دور از حقیقت دانست.» حاج‌آقا مصطفی که با سیدعبدالحسین واحدی، نفر شماره دو فداییان رفاقت داشت، درخصوص اعدام فداییان نیز گفته است: «این طایفه از دیرزمانی در قم زیست می‌کردند. آن وقت‌ها ما قم بودیم و از دور آنها را می‌پاییدیم. تا آنکه شبانه عده‌ای با چوب و چماق در پیش چندصد نفر طلبه به آنها هجوم بردند و آنان را زدند که دیگر کار به آخر رسیده بود و دیگر نتوانستند در قم بمانند. در نتیجه رحل اقامت را به تهران بردند تا سرانجام به دست پسر رضاخان و با سکوت مرگبار علما آنها را تیرباران کردند. اگرچه دوست من سیدعبدالحسین را در جای دیگر از بین بردند و داغش را در دل ما گذاردند.»
در جلد اول مجموعه آثار یادگار امام، از سوی سیداحمد خمینی چنین نقل شده است: «درخصوص قضیه اعدام نواب صفوی و سایر اعضای فداییان اسلام، امام از مرحوم آقای بروجردی و مراجع دلخور شدند که چرا موضع تندی علیه دستگاه نگرفتند و اینها را نجات ندادند. امام در این قضیه خیلی صدمه روحی خوردند.
در آن اوضاع و احوال شرایط به‌گونه‌ای بود که از دیدگاه متحجران مبارزه با شاه ننگ بود، یعنی استدلال می‌کردند حالا که بناست یک روحانی اعدام شود، لباس روحانی را از تن او بیرون بیاورید تا به مقام روحانیت اهانت نشود! درست نقطه مقابل، تفکر امام بود که اعتقاد داشتند روحانی باید با کسوت مقدس روحانیت شهید شود تا مردم بفهمند و آگاه شوند که اینها در صحنه هستند. از دیدگاه متحجران مبارزه با شاه ننگ بود، در صورتی که از دیدگاه امام مبارزه روحانیون بزرگواری همچون شهید نواب صفوی روشنی‌بخش حیات اسلام و انقلاب راه مبارزان بود.»
