هنگامى كه محمد شاه براى سركوبى ياغيان فارس و اصفهان عازم جنوب ايران بود و مقدمات طغيان آقا خان محلاتى فراهم مىشد، حكومت انگليسى هند دست بر روى افغانستان گذاشت و درصدد برآمد كه امراى محلى را با مقاصد خود همراه كند. امير دوست محمد خان باركزايى، حاكم قندهار، با پيشرفت سياست انگليس در افغانستان مخالف بود و ميل داشت به همدستى و كمك ايران هميشه خود و اولادش بر افغانستان حكومت كنند. انگلستان براى جلوگيرى از مقاصد امير دوست محمد خان، يكى از عمال خود سر ويليام ماگناتن «1» را به همراهى شاه شجاع الملك (شاه شجاع) پسر تيمور شاه درانى، كه از دشمنان ديرين خاندان باركزايى افغان بود، با 000/ 20 سپاهى هندى و افغانى به قندهار روانه كرد. زدوخورد بين شجاع الملك و امير دوست محمد خان قريب به سه سال (از 1255 تا 1258 هجرى) طول كشيد و در آن مدت به شرحى كه گذشت، سياست مسمومكننده انگلستان پيوسته وسيلهى گرفتارى و سرگرمى محمد شاه را به امور شهرستانهاى جنوب ايران فراهم مىساخت و او را از توجه به امور افغانستان بازمىداشت و ضمنا سفرا و نمايندگان سياسى انگلستان در ايران مرتبا به وسيلهى يادداشت و نامه، شاه و صدراعظم بىكفايت او حاجى ميرزا آغاسى را از مداخله در امور افغانستان و حمايت از امير دوست محمد خان، كه پيوسته از ايران استمداد مىكرد، برحذر مىداشتند.
بر اثر حملات سخت شاه شجاع به قندهار، امير دوست محمد خان هواخواه ايران، آن شهر را از دست داد و شاه شجاع درانى به سلطنت افغانستان جنوبى رسيد. امير مزبور با فرزندان خود ابتدا به خوارزم رفت و درصدد جلب حمايت خان خوارزم برآمد و چون از او مأيوس گرديد، به ايران پناهنده شد ولى برادر او اكبر خان در برابر شاه شجاع الملك مقاومت ورزيد و در
سال 1257 هجرى به كابل حمله برد. در همان اوقات شورش سختى عليه انگليسها، كه زير نظر ماگناتن در كابل بسر مىبردند، برپا شد. ماگناتن و يكى ديگر از عمال انگليسى و قريب به 16000 تن از سپاه هندى شاه شجاع در آن شهر و حوالى آن به دست شورشيان و سربازان اكبر خان به قتل رسيدند (شوال 1257 هجرى، مطابق با نوامبر 1841 ميلادى).
حكومت انگليسى هند، سال بعد يكى از سرداران خود پولوك را با سپاه كافى به كابل فرستاد و در همان موقع كه طوايف بلوچ در بلوچستان سر به طغيان برداشته و دعاة و مبلغين سيد على محمد باب در شيراز و اصفهان اسباب گرفتارى دولت ايران را فراهم كرده بودند، سردار انگليسى، كابل را تصرف و قتلعام كرد و عاقبت امير دوست محمد خان كه از حمايت ايران و توجه روسيهى تزارى طرفى نبسته بود، با مقاصد انگليسها موافقت نمود، وزير نظر عمال انگليسى در سال 1258 هجرى به سلطنت افغانستان برقرار شد و تا سال 1280 هجرى كه سال وفات اوست بدان سمت باقى بود.
پس از استقرار امير دوست محمد خان در كابل، راه براى پيشرفت سياسى انگليس در افغانستان باز شد و حكومت هند انگليس امير مزبور را تقويت كرد و او را به فتح و تسخير هرات و تشكيل حكومت واحد افغانستان تحريك نمود. وقايعى كه از سال 1267 تا 1272 هجرى يعنى در مدت پنج سال در افغانستان روى داد، نمونهى بارزى از مداخلات نامشروع و نارواى حكومت هند انگليس و نشانهى تصميم دولت انگليس به تضعيف ايران و اجراى سياست استعمارى خود در اين كشور و ساير نواحى خاورميانه است.
سفراى انگليس در تهران، نه تنها در امور داخلى مداخله كردند، بلكه مىخواستند به هر قيمت كه باشد دولت ايران را از اعمال حق حاكميت خود در آن ايالت بازدارند.
امير دوست محمد خان در سال 1272 هجرى، سپاهى بزرگ براى تصرف هرات آماده كرد «2». در همان اوقات صيد (سعيد) محمد خان ظهير الدوله «3» حاكم هرات، كه دستنشانده ى ايران بود، به دست شاهزاده محمد يوسف خان درانى به قتل رسيد و وى براى تحكيم موقعيت خود و مقاومت در برابر دوست محمد خان، حمايت دربار ايران را جلب و از سلطان مراد ميرزا
حسام السلطنه فرمانفرماى خراسان استمداد كرد. حسام السلطنه 1500 نفر تفنگچى به سردارى سام خان ايلخانى از مشهد به هرات روانه ساخت و به محمد يوسف خان نوشت كه در صورت احتياج سپاه بيشترى به كمك او خواهد فرستاد.
عمال انگليسى، مردم هرات مخصوصا اعيان شهر را به وسيله ى پول و تبليغات عارى از حقيقت با مقاصد خود همراه و آنان را به هواخواهى از امير كابل دعوت كردند و وقتى سام خان ايلخانى به هرات رسيد، مردم دروازههاى شهر را به روى او بستند و محمد يوسف خان را به قتل تهديد كردند. سام خان فورا مراتب را به حسام السلطنه اطلاع داد. در همان اوقت سردار عليخان سه كوهه از سيستان خبر داد كه يكى از پسران دوست محمد خان به خاك ايران تجاوز كرده است. ناصر الدين شاه كه در اوايل سلطنت خود مىخواست با انگليس و عثمانى و فرانسه بر ضد روسيه متحد شود و عهدنامهى تركمانچاى و گلستان را لغو و قفقازيه را تصرف كند و به همين لحاظ از پيروى و تمايل به سياست روسيه جدّا احتراز مىكرد، در اين موقع از تحريكات سياسى عمال انگليس در افغانستان به مقاصد شوم آن دولت پى برد و حسام السلطنه را به فتح هرات مأمور كرد و بيست فوج پياده و هزار نفر تفنگچى به كمك او فرستاد. سپاه ايران همان راهى را كه سپاه محمد شاه طى كرده بودند، پيش گرفتند و نخست به قلعه غوريان كه كليد هرات بود، حمله بردند. سردار مجيد خان افغانى پس از اندك مقاومتى قلعه را تسليم كرد و در آن موقع فرمانفرما نيز با 000/ 10 سرباز از فارس به كمك حسام السلطنه رسيد و متحدا به هرات حمله بردند.
چون سپاه افغان گرد شهر هرات خندقى عميق حفر كردند، نيروى ايران ناچار آن شهر را در محاصره انداخت و بعد از دو ماه مقاومت حاكم هرات از در اطاعت و تسليم درآمد و به حسام السلطنه پيغام داد كه اگر محاصره هرات را بشكند، تسليم خواهد شد. عيسى خان يكى از سرداران افغانى كه همراه حسام السلطنه بود او را به قبول پيشنهاد مزبور واداشت.
سردار ايران تا چند كيلومترى غوريان عقب نشست و عيسى خان را به هرات فرستاد. وى پس از ورود به آن شهر، شاهزاده محمد يوسف خان را دستگير كرد و به دست كسان صيد محمد خان ظهير الدوله سپرد و ايشان سردار مزبور را به قصاص خون ظهير الدوله به وضع فجيعى كشتند. عيسى خان پس از پايان كار محمد يوسف خان خود زمام امور هرات را در دست گرفت و براى مقابله با سپاه ايران آماده شد. حسام السلطنه مجددا به شهر حمله برد و به زور گلوله توپ و به كمك بوهلر مهندس فرانسوى، قسمتى از حصار شهر را ويران كرد.
سرداران زيردست او نيز براى جلوگيرى از سپاه دو دوست محمد خان در سيستان و فراه متفرق شدند.
عيسى خان در ماه صفر سال 1273 هجرى تسليم شد و حسام السلطنه وارد هرات گرديد و در اول ربيع الاولى همان سال در هرات به نام ناصر الدين شاه خطبه خواندند و حسام السلطنه فرمان شاه را مبنى بر الحاق مجدد هرات به حكومت مركزى ايران اعلام نمود و به نام ناصر الدين شاه سكه زد.
گرچه لشگریان قاجار با کمک بومیان افغان سپاه دوست محمدخان را شکست دادند و هرات را تصرف کردند اما اتفاقی غیرمنتظره همه چیز را به هم ریخت؛ انگلیس که منافع خود را در خطر می دید به ایران اعلان جنگ داد.
حكومت هند انگليس كه از آغاز حمله سپاه ايران به هرات به انواع وسايل براى انصراف ناصر الدين شاه از تصرف آن شهر كوشيده و كوشش آن دولت به جايى نرسيده بود و از طرفى مقدمات يك شورش بزرگ عليه انگلستان در هند فراهم مىشد و سياست استعمارى بريتانيا سخت در خطر بود، در آن موقع حساس از سستى اراده و بىخبرى درباريان ايران استفاده كرد و با اعمال سياست تهديد و مداخله مسلحانه در ايران نفوذ و حاكميت ايران را از سراسر افغانستان ريشه كن ساخت.
فرخ خان امین الدوله وزیرمختار ایران در پاریس مامور شد با ناپلئون سوم و نیز سلطان عثمانی وارد مذاکره شود تا بین ایران و انگلیس مصالحه شود. اما انگلستان ناوگان خود را به جنوب ایران فرستاد و با وجود مقاومت های مردمی بر خارک، بوشهر، خرمشهر و اهواز مسلط شد.
نقل است که در آن روزها روزنامه تایمز در سرمقاله ای با عنوان “نه می دانیم و نه علاقه ای داریم که بدانیم که هرات کجاست” نسبت به لشگرکشی انگلستان به ایران انتقاد کرده بود اما “پالمرستون” نخست وزیر بریتانیا برای کسب حداکثر منافع در قبال توسعه نفوذ روسیه به ایران، افغانستان و بلاخره هندوستان، به ادامه جنگ و بعد رسیدن به صلحی با حداکثری کسب این منافع تلاش می‌کرد.
پیش روی انگلستان سرانجام روسیه و فرانسه را به وحشت انداخت و آنها شاه ایران را وادار به مصالحه کردند؛ صلحی که تحت عنوان “عهدنامه پاریس” بین امین الدوله نماینده دربار ایران و “لرد کاونی” نماینده دولت انگلستان به امضا رسید.
گفته می شود میرزا آقاخان نوری صدراعظم ایران در آن زمان تنها یک دستورالعمل برای فرخ خان که مشغول مذاکره با طرف‌های اروپایی بود فرستاد: “شما اختیار دارید در هر مساله‌ای که مورد تقاضای انگلیسی‌ها است موافقت کنید مگر در دو مورد: یکی سلطنت ناصرالدین‌شاه و دیگری صدارت من.”
بر اساس پیمانی که فرخ خان امین الدوله امضا کرد هرات از ایران جدا شد و ایران موجودیت کشوری به نام افغانستان را به رسمیت شناخت. عکس زیر که در تاریخ 1857 مقارن با 1236ه.ش در پاریس گرفته شده مقارن با زمان حضور فرخ خان امین الدوله در فرانسه و مذاکرات صلح با دولت انگلیس است.
