پس از عهدنامه گلستان به دلیل مبهم ماندن مرز ایران و روسیه، علی رغم اعزام نمایندگانی از ایران ازجمله حاجی میرزا ابوالحسن شیرازی، و علی رغم مذاکره با تزار روس در پطرزبورگ و مذاکرات – يرمولف و عباس میرزا نایب السلطنه و نیز مدداف با او توافقاتی در زمینه تعیین مرزهای روشن به وجود نیامد. دولت روس در برابر پیشنهاد ایران مبنی بر برگشت تمام یا قسمتی از ولایات واگذاری در عهدنامه گلستان و دریافت خسارت جنگی روی خوش نشان نداد. درگیریهای پراکنده بین خوانین دو طرف ادامه داشت. از آن طرف روسیه نیز دست به تحریکات زد و اعلام کرد که گوگچای متعلق به آن کشور است و یرملوف، واحد را برای اشغال آن ناحیه گسیل داشت. اعتراض ایران به جایی نرسید. مذاکرات منچیکف نماینده نیکلای اوّل و دربار ایران بی نتیجه ماند. لاجرم نیروهای نظامی ایران در مرزها تقویت شد و نیروهای اعزامی فتحعلی شاه به سوی مرزها گسیل شدند.
مردم که از تجاوزات سپاهیان روس به تنگ آمده بودند با مشاهده عجز و ناتوانی در شاه و دربار، به علما متوسل شدند. آقا سید محمد طباطبایی معروف به سید مجاهد از علمای بزرگ مقیم کربلا، وقتی شرح تسلّط روسها بر سرزمینهای اسلامی و تجاوزات آنان را شنید مصمم بر انجام تکلیف شرعی شد. او ابتدا درس خود را تعطیل کرد سپس از عراق به ایران آمد و دیگر علما و فقها را به جهاد دعوت کرد روز جمعه ۱۷ ذی القعده ۱۲۴۱هـ . ق. اوّل مرداد ۱۲۰۵ جمعی از علما از جمله آقا سید محمد طباطبایی مجتهد، حاجی ملاجعفر استرآبادی آقا سید نصر الله استر آبادی، حاجی سید محمد تقی قزوینی و سید عزیزالله طالشی به محل تمرکز سپاه ایران آمدند و روز بعد ملا احمد نراقی مجتهد به اتفاق حاج ملا عبدالوهاب قزوینی و حاجی ملا محمد نراقی به آنها پیوستند. علماء به اتفاق فتوا دادند و مردم را به مقابله با روسها دعوت کردند.
ویلاک انگلیسی که جریان و حدت نظر مردم در جنگ با روسیه و اطاعت آنان از علما را از نزدیک مشاهده کرده است هنگام رسیدن آقا سید محمد مجاهد به سلطانیه ـ محل اردوی سپاه ایران را چنین شرح میدهد:
مردم احساسات عظیمی ابراز کردند به سید نمی توانستند دسترسی یابند لیکن کجاوه او را می بوسیدند. نردبانی را که از آن به کجاوه عروج کرده بود می بوسیدند و خاک غبار زیر سم قاطر او را جمع میکردند برای تبرک.
برخی از مورخین کج اندیش تلاش کرده اند تا شکست ایران در جنگ دوم را به گردن علما بیندازند، به این بهانه که فتواهای آنان سبب شروع جنگ شد و عباس میرزا به جنگ اشتیاق نداشت! در حالی که سپاه ایران در محل اردوی سلطانیه پس از شکست مذاکرات برای جنگ آماده می شد و فتوای علما سبب پیوستن گروه زیادی از مردم و عشایر و تقویت اردوی ایران شد. اسناد تاریخی نشان میدهند که سهل انگاری عباس میرزا عدم پشتیبانی بموقع فتحعلی شاه از سپاهیان در رساندن آذوقه و اسلحه خیانت مجدّد انگلیسیها بویژه در زمانی که نقش علما را مشاهده کردند و هر نوع پیروزی را سبب تقویت مواضع آنان دانستند، سبب شد تا لشکریان می ایران پس از پیروزیهای درخشان ،اوّلیه در نهایت جنگ را واگذار کنند.
در هر حال در ذی الحجه ۱۲۴۱ هـ. ق، باگذشتن قوای عباس میرزا از رود ارس، جنگهای دوره دوم بین ایران و روس عملاً آغاز شد. در مراحل اولیه جنگ، لنکران، تالش، گوگچای و بالغ لو آزاد شد و قلعه شوشی محاصره گشت. شهر گنجه نیز به دست سپاهیان ایران افتاد. روسیه، ژنرال پاسکویچ را با سپاهی ۱۵ هزار نفری اعزام کرد که در حوالی گنجه منتشر شدند. جنگ شمکور اوّلین برخورد نظامی بین ایرانیها و روسها بود که در آن محمد میرزا فرزند عباس میرزا شکست خورد و اسیر شد و روسها بدون مانعی وارد گنجه شدند. عباس میرزا با شنیدن این خبر، دست از محاصره شوشی برداشت و به طرف گنجه حرکت کرد. دو لشکر در حوالی شهر گنجه به هم رسید و جنگ سختی در گرفت. عباس میرزا با اقدام عجولانه خود در احضار فرزندانش که در صف مقدم بودند (برای حفظ جان آنها) شکست نیروهای ایرانی را تسریع کرد و باعث عقب نشینی نیروها شد. نیروهای روسی ناحیه قراچای – محل لشکرگاه عباس میرزا را تصرف کرده و به کنار رود ترتر رسیدند. عباس میرزا به کنار ارس عقب نشینی و از رودخانه عبور کرد.
این شکست که در ۲۴ صفر ۱۲۴۱هـ . ق روی داد روحیه فرماندهان را متزلزل ساخت. ایشان مواضعی را که تصرف کرده بودند رها کرده و عقب نشینی نمودند. عباس میرزا به اهر آمد و با آغاز فصل زمستان به تهران بازگشت و نیروها را مرخص کرد. نیروهای روس هم مواضع خود را مستحکم کردند. فرماندهی کل قوای جبهه قفقاز روسیه به ژنرال پاسکویچ واگذار شد و او در سه ستون تعرّض خود را شروع کرد یک ستون به سوی اچمیازین، ستون بعدی به سوی نخجوان و ستون مرکزی پس از تصرف عباس آباد و سردارآباد در ایروان به طرف تبریز میبایستی حرکت میکرد. با سپری شدن زمستان، شاه و عباس میرزا به آذربایجان رفتند و عباس میرزا به سوی ارس حرکت کرد. پشتیبانی ناکافی از لحاظ مالی و آذوقه و اسلحه سبب شد تا بخشی از نیروها را عباس میرزا مرخص کرد. علی رغم برخی پیروزیها در اچمپازین و نخجوان، روحیه سپاهیان متزلزل شد. روسها با اطلاع از وضعیت ایرانیان دست به حمله زدند، ایروان را متصرف شده از رود ارس گذشتند و به طرف تبریز حرکت کردند مرند را بدون مقاومت تصرف نموده در سوم ربیع الثانی ۱۲۴۳هـ . ق وارد تبریز شدند. با سقوط این شهر روسها آماده حمله به تهران شدند که با ارسال نمایندگانی از سوی عباس میرزا برای مذاکره و صلح، ژنرال پاسکویچ شرایط سختی را پیشنهاد کرد از جمله پرداخت ۵ میلیون تومان غرامت جنگ و واگذاری کلیه سرزمینهای شمالی رود ارس به روسیه.
فتحعلی شاه از این پیشنهادها خشمگین شد و با سپاهی روانه قزوین گردید. مک دونالد وزیر مختار انگلیس که از پیشرفت روسها و خطر سقوط تهران نگران شده بود و احتمال میداد شاه بر نیروهای روسی پیروز نشود، به اردوی شاه پیوست و پیشنهاد میانجیگری داد. مذاکرات صلح در قریه ترکمانچای شروع شد از طرف ایران عباس میرزا، میرزا ابوالحسن شیرازی و میرزا ابوالقاسم قائم مقام و از طرف روس ژنرال پاسکویج با حضور مک دونالد شرکت داشتند.
بالاخره عهدنامه در ١٦ فصل و یک قرارداد تجاری الحاقی در ۹ فصل تنظیم و مورد توافق قرار گرفت و در ۵ شعبان ۱۲۴۳هـ . ق یا ۲ اسفند ۱۲۰٦ به امضای نمایندگان دو دولت رسید و ایالتهای نخجوان ایروان تالش قره باغ و شورکل علاوه بر ولایت معاهده گلستان به روسیه واگذار شد و مرزهای دو کشور رود ارس تعیین گردید. اتباع روسیه از قوانین حقوقی و جزایی ایران معاف شدند. کاپیتولاسیون کشتیرانی در دریای خزر منحصر به روسیه شد و غرامتی به مبلغ ده کرور تومان جهت خسارت تعیین شد. برقراری کنسولگریهای روس در نقاط مختلف کشور با تجار روس طبق قرارداد تجارتی ضمیمه پذیرفته شد. طبق ماده هفتم، عباس میرزا وارث سلطنت ایران شناخته شد و دولت روس حمایت خود را برای رسیدن او به تاج و تخت اعلام نمود.
تلفات جانی بیش از ۲۰۰ هزار کشته بیماری سخت که میرزا ابوالقاسم قائم مقام هم از آن بیماری درگذشت آوارگان جنگی نابودی اقتصاد مناطق جنگی خالی شدن خزانه کشور، از دست رفتن اراضی وسیعی از کشور بروز شورشهایی در خراسان و شمال ایران – فتنه اسماعیلیه در یزد، فتنه افغانها و حملۀ امیر خوارزم به خراسان – از معضلات بزرگ کشور در این دو جنگ بود. اغلب فتنه ها به تحریک دولت انگلیس انجام می شد.
عباس میرزا در ۱۲۴۹هـ . ق (۱۲۱۲ شمسی) و فتحعلی شاه در سال ۱۲۵۰ هـ . ق (۱۲۱۳شمسی) درگذشتند و محمد شاه به تخت سلطنت نشست.
مناطق جداشده از ایران در جنگ های ایران و روس
