شریف واقفی هم‌زمان با مسئولیت شاخه کارگری مجاهدین، مسئول امنیتی سازمان هم شد و به شکل مرتب نشریه‌ای بنام نشریه امنیتی منتشر می‌کرد. هم‌حزبی‌هایش شریف واقفی را به عنوان چهره چندکاره سازمان می‌شناختند. او هم‌زمان عضو گروه الکترونیک سازمان هم بود. کسانی که او را از نزدیک می‌شناختند گفته‌اند با کمک شریف واقفی، عبدالرضا منیری جاوید معروف به خسرو الکترونیک موفق شده بود بسیاری از امواج گروه‌های امنیتی رژیم شاه را کشف و کنترل کند. رابطه با افراد خارج از کشور و ارسال خبر، پیام و تحلیل برای آنها از جمله دیگر مسئولیت‌های او بود.
پس از اعدام حنیف نژاد، بدیع زادگان؛ شریف واقفی به همراه رضا رضایی، بهرام آرام و تقی شهرام که از زندان فرار کرده بود در شورای مرکزی سازمان قرار گرفتند. از سال ۵۲ به بعد که تقی شهرام رهبری سازمان را بر عهده گرفته بود، دیدگاه‌های ابتدایی سازمان مجاهدین به سمتی دیگر رفت. او بیش از همه به بهرام آرام اطمینان داشت. شهرام به این نتیجه رسیده بود که اندیشه مذهبی سازمان در تناقض با اهداف آن برای به‌وجود آوردن یک جامعه بی طبقه توحیدی بوده و اندیشه مارکسیستی جواب‌گوی رسیدن به اهداف سازمان است. او اسلام را سمی برای مبارزه مسلحانه می دانست.
همین تفکر باعث شد تا میان اعضای مجاهدین فاصله بیفتد و گروهی کنار تقی شهرام قرار بگیرند و گروهی هم بر آرمان‌های اسلامی خود پافشاری کنند، مثل مجید شریف واقفی و مرتضی صمدی لباف. این پافشاری ها تا جایی پیش رفت که مجید و مرتضی در لیست عملیات تسویه (ترور) قرار گرفتند.
مجید و مرتضی خائن شماره ۱ و ۲ نامیده شدند. آنان که تغییر ایدئولوژی را از سربرگ‌های سازمان مجاهدین خلق و با حذف آیات قرآن کنار آرم آغاز کرده بودند، حالا از مبارزه ایدئولوژیک سخن می‌گفتند، اسلام‌گرایان را نماینده خرده بورژوازی چپ می‌نامیدند و اسلام را دینی ارتجاعی و مانع مبارزه برشمردند. این چنین بود که اسلام‌گرایانی، چون شریف واقفی و صمدی را خائن به آرمان‌های طبقه کارگرمعرفی می‌کردند. در چنین شرایطی بود که حکم اعدام آنان را صادر و نقشه ترور آنها را عملیاتی کردند.
لیلا زمردیان همسر مجید که خود گرایشات مارکسیستی داشت آمار مجید را به سازمان داد و اعلام کرد او مسلح است. این موضوع در کنار اعلام موضع صمدی لباف در دیدار با وحید افراخته مبنی بر اینکه دیگر به دلایل اعتقادی نمی‌خواهد با سازمان کار کند، رهبران منافقین را متقاعد کرد که مذهبی‌ها با سازماندهی منظم قصد ایجاد گروهی جدید را دارند که با آنها مقابله خواهد کرد. حسین سیاه‌کلاه، محسن سیدخاموشی و منیژه اشرف‌زاده کرمانی به همراه افراخته، از اعضای تیم ترور بودند.
ساعت چهار بعدازظهر ۱۶ اردیبهشت ۵۴ بود. مجید که از طریق همسرش از قرار مذاکره با خبر شده بود، به محل قرار رسید. دقایقی از حضور مجید نگذشته بود که وحید افراخته رسید. همراه او وارد یکی از کوچه‌های خیابان ادیب‌الممالک شد؛ جایی که دو تن از نیروهای تیم ترور در آن مستقر شده بودند و منیژه اشرف‌زاده کرمانی هم در کمین بود.
عملیات آغاز شد؛ صدای دو گلوله پی در پی می‌آید. گلوله اول را حسین سیاه‌کلاه از روبرو به صورت مجید شلیک کرد و گلوله دوم از اسلحه وحید افراخته که پشت سر او ایستاده بود، شلیک شد. تیم ترور از آنجا به سمت میدان خراسان و جاده مسگرآباد فراری شدند. در ۱۸ کیلومتری جاده مسگرآباد، جسد را پیاده کردند، جیب‌های او را خالی کردند و اسید روی صورت و بدن مجید ریختند. پس از آتش زدن جسد، پیکر شریف واقفی را مثله کرده و در چند گودال همان منطقه دفن کردند و برای همیشه مجید شریف واقفی دانشجوی انقلابی را به تاریخ پیوند زدند.
