محمدولی قرنی، تا تاریخ 23 بهمن 1357 مسئولیت ریاست ستاد کل ارتش اسلامی را برعهده داشت و عضو شورای انقلاب اسلامی بود، اما ماموریت وی به عنوان ریاست ستاد کل ارتش تنها 43 روز طول کشید. او سرانجام در تاریخ 3 اردیبهشت 58 توسط گروهک فرقان ترور شد.
در همان سال 57 منافقین، فدائیان خلق و برخی گروه‌های دیگر در موضع جبهه دموکراتیک و به اصطلاح ملی در راستای مواضع مشترک در خصوص ارتش اظهارنظر میکردند. پس ارائه اظهار نظرات گوناگون دیگر در خصوص ارتش، سرلشکر قرنی رئیس ستاد کل ارتش در مصاحبه‌ای اظهار داشت که اگر ارتش را به هر وسیله تضعیف کنند استقلال ملی و تمامیت ارضی کشور به خطر می‌افتد.
این قاطعیت در جایگاه ستاد ارتش خشم ضد انقلاب را برانگیخت تا وی سرانجام روز دوشنبه، سوم اردیبهشت 1358 در منزلش توسط گروه فرقان ترور شد. وی بلافاصله به بیمارستان مهر انتقال یافت و یک تیم پزشکی از ارتش نیز به بیمارستان اعزام شد تا در جریان درمان او کمک کنند اما معالجات مؤثر واقع نشد و او به شهادت رسید.
